MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris A76 plasmid pQA554

Total Repeats: 236

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017496	TAT	2	6	735	740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017496	ATT	2	6	891	896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017496	T	6	6	895	900	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017496	T	6	6	919	924	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017496	CAC	2	6	2125	2130	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_017496	CGTA	2	8	2144	2151	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017496	GTTC	2	8	2181	2188	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017496	TCC	2	6	4007	4012	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_017496	ACT	2	6	4085	4090	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017496	TCC	2	6	4144	4149	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_017496	TTTCG	2	10	4225	4234	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017496	CTTT	2	8	4302	4309	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017496	AGT	2	6	4525	4530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017496	AAT	2	6	5413	5418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017496	AC	4	8	5580	5587	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017496	TTTA	2	8	6168	6175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017496	A	6	6	6181	6186	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017496	GAC	2	6	6233	6238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017496	ATT	2	6	6256	6261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017496	A	6	6	6263	6268	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017496	T	6	6	6297	6302	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017496	AGA	2	6	6304	6309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017496	CAT	2	6	9231	9236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017496	AT	3	6	9267	9272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017496	AC	4	8	9289	9296	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017496	GCAAA	2	10	9339	9348	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017496	T	6	6	9397	9402	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017496	TA	3	6	9462	9467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017496	ATT	3	9	9506	9514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017496	TA	4	8	9574	9581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017496	CATT	2	8	9598	9605	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017496	AGG	2	6	9607	9612	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017496	T	7	7	11725	11731	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017496	CA	3	6	11788	11793	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017496	T	6	6	11816	11821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017496	ATAA	2	8	11857	11864	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017496	ATT	2	6	13873	13878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017496	CAA	2	6	13901	13906	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017496	T	7	7	14824	14830	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017496	TGA	2	6	16833	16838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017496	ACT	2	6	16840	16845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017496	AT	3	6	16847	16852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017496	A	7	7	16936	16942	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017496	T	6	6	16953	16958	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017496	ATAA	2	8	17718	17725	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017496	AGAAA	2	10	18724	18733	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017496	A	6	6	18731	18736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017496	TAT	2	6	18754	18759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017496	ATTA	2	8	18773	18780	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017496	T	6	6	18796	18801	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017496	TTA	2	6	18837	18842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017496	TA	4	8	18863	18870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017496	GAA	2	6	18880	18885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017496	A	7	7	18887	18893	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017496	AGA	2	6	19186	19191	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017496	TTA	2	6	19245	19250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017496	ATAA	2	8	20544	20551	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017496	A	6	6	21135	21140	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017496	AG	3	6	21144	21149	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017496	ATT	3	9	21905	21913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017496	CAA	2	6	21920	21925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017496	GTT	2	6	21928	21933	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017496	AAC	2	6	21934	21939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017496	ATT	2	6	21946	21951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017496	GGA	2	6	21981	21986	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017496	ATT	2	6	23259	23264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017496	A	6	6	23287	23292	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017496	TCG	2	6	23416	23421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017496	TGA	2	6	24096	24101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017496	CT	3	6	24860	24865	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017496	T	6	6	24869	24874	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017496	T	6	6	24897	24902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017496	CTA	2	6	24923	24928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017496	T	6	6	24991	24996	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017496	A	7	7	25048	25054	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017496	T	6	6	25086	25091	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017496	A	6	6	26815	26820	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017496	CTT	2	6	26868	26873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017496	AT	3	6	27561	27566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017496	TAT	2	6	27637	27642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017496	TAA	2	6	28149	28154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017496	ATT	2	6	28174	28179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017496	AT	3	6	29488	29493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017496	AACT	2	8	29818	29825	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017496	TAT	2	6	29826	29831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017496	T	6	6	29867	29872	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017496	TCA	2	6	29884	29889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017496	ATT	2	6	29893	29898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017496	TCTTT	2	10	31372	31381	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017496	TTAGA	2	10	31427	31436	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017496	AAC	2	6	31445	31450	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017496	TCT	2	6	31486	31491	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017496	T	6	6	31491	31496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017496	A	7	7	31835	31841	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017496	T	6	6	31926	31931	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017496	A	7	7	31967	31973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017496	A	6	6	32714	32719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017496	A	6	6	32742	32747	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017496	AG	3	6	32751	32756	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017496	AATA	2	8	33546	33553	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017496	A	6	6	33558	33563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017496	GT	3	6	33595	33600	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017496	TAA	2	6	33615	33620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017496	A	6	6	33619	33624	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017496	TGA	2	6	33636	33641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017496	A	7	7	33641	33647	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017496	T	6	6	33710	33715	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017496	A	6	6	33718	33723	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017496	TGT	2	6	33804	33809	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017496	GAA	2	6	33876	33881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017496	T	6	6	33933	33938	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017496	TAT	3	9	33940	33948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017496	ATA	2	6	33950	33955	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017496	A	6	6	33976	33981	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017496	T	7	7	34012	34018	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017496	TAA	2	6	34023	34028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017496	T	6	6	34294	34299	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017496	CTTTAT	2	12	34300	34311	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017496	T	6	6	34328	34333	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017496	TTTA	2	8	34343	34350	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017496	AGAA	2	8	34351	34358	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017496	A	6	6	34357	34362	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017496	GT	3	6	34377	34382	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017496	CT	3	6	34415	34420	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017496	T	6	6	34541	34546	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017496	ATA	2	6	34554	34559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017496	GT	3	6	34576	34581	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017496	A	6	6	34624	34629	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017496	A	6	6	34653	34658	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017496	TTCT	2	8	34907	34914	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017496	GAA	2	6	34933	34938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017496	TCA	2	6	35009	35014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017496	TTA	2	6	35015	35020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017496	TGT	2	6	35023	35028	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017496	CAA	2	6	37164	37169	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017496	CTG	2	6	37425	37430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017496	TTC	2	6	37431	37436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017496	T	6	6	37458	37463	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017496	TA	3	6	37530	37535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017496	A	7	7	37547	37553	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017496	TC	3	6	39090	39095	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017496	CTAT	2	8	39113	39120	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017496	TAT	2	6	39125	39130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017496	CTT	2	6	39155	39160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_017496	GGT	2	6	39209	39214	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017496	T	6	6	39214	39219	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017496	TTAATT	2	12	39238	39249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017496	A	7	7	39260	39266	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017496	CT	3	6	39341	39346	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_017496	A	7	7	39366	39372	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017496	CTT	2	6	39700	39705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017496	ATA	2	6	39707	39712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_017496	A	6	6	41350	41355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.